Serial „Misja: Afganistan” to opowieść o żołnierzach II plutonu pierwszej kompanii piechoty zmechanizowanej z Wędrzyna, pod dowództwem młodego oficera – porucznika Pawła Konaszewicza (Paweł Małaszyński). Konaszewicz zmaga się z etykietą „plecaka” – mówi się, że stanowisko otrzymał dzięki protekcji ojca – emerytowanego generała. Głównym antagonistą Konasza jest porucznik Żądło (Tomasz Schuchardt) – dowódca I plutonu. Napięcie między oficerami jest widoczne od pierwszego spotkania, a zażegnaniu konfliktu nie pomaga rywalizacja o kobietę – porucznik Justynę Winnicką (Ilona Ostrowska).

Zbój (Eryk Lubos), Iwan (Mikołaj Krawczyk), Mamut (Dawid Zawadzki), Malbor (Piotr Rogucki), Biskup (Marcin Piętowski) i Młody (Sebastian Fabijański) – to żołnierze II plutonu pod dowództwem Konasza – każdy z nich nosi w sobie inną wojnę. Żaden z nich nie wyjeżdża na patrol zakładając, że może zginąć. Przygotowali się do tego miesiącami, latami. Jednak czy można przygotować się na śmierć? Albo na to, że odbierze się komuś życie?