Fabularnie „Dzieci Diuny” łączy w sobie wątki z drugiego i trzeciego tomu cyklu: „Mesjasza Diuny” i „Dzieci Diuny”. Tematem filmu jest walka Paula Atrydy z zakonem Bene Gesserit, który nie potrafi kontrolować Muad’Diba, a także wydarzenia, które miały miejsce po odejściu Paula na pustynię, kiedy rozpoczęła się Ekologiczna Transformacja Diuny, a na Arrakis pojawił się tajemniczy starzec zwany Kaznodzieją.